Modules & Verfûgbare Software

Übersicht & Grundlagen zur Nuzung

Die bereitgestellten Compute-Knoten nutzen Linux, genaugenommen ein OpenSUSE.

HPC-typisch wird zentral Software bereitgestellt. Verfügbare Software wird über eine Modulumgebung geladen.

Welche Software verfügbar ist, lässt sich über module avail sowie module spider <name> in Erfahrung bringen.

(Online Anleitung für lmod https://lmod.readthedocs.io/en/latest/010_user.html )

Wir bieten aktuell drei Gruppe von Software an:

1. /hu "Von Uns" kompilierte Software welche zentral bereitgestellt wird.
2. /all Über EasyBuild ( siehe http://docs.easybuild.io/what-is-easybuild/ ) bereitgestellte Software
3. /intel Software welche mit Installer ausgeliefert wurde (wie zum Beispiel Intel OneAPI)

Bei der Auswahl von Software sollte darauf geachtet werden dass die Groß- und Kleinschreibung von Bedeutung ist, sprich gcc ist nicht gleich GCC.

Die finalen Pfade sind aktuell auch nicht endgültig festgelegt und können sich noch verändern.

Ferner wird empfohlen sich nicht auf die Defaults zu verlassen und die Version einer Software explizit auszuwählen.

Anwendungsbeispiel:

Die verfügbaren openmpi Versionen lassen sich mit dem Befehl

module spider openmpi

erfragen

Ist daraufhin die Version erwünscht, lässt sich diese mit dem Befehl

module load openmpi/5.0.3-gcc14.1.0

laden.

Aktuell geladene Module lassen sich mit

module list

anzeigen, während

module purge

alle geladenen Module "entlädt".

Aktuell wird die verfügbare Software noch ausgebaut, wodurch sich die Liste relativ schnell entwickelt. Für einen Überblick der aktuell verfügbaren Software wird gebeten diese direkt auf dem System abzufragen. Vor allem mit EasyBuild installierte Software bringt standardmäßig sehr viele kleine Abhängigkeiten mit.

Einen ersten Überblick über einige der wichtigeren Pakete (als Eigenkompilation) bietet die folgende Liste:

Programmiersprachen

- gcc

  -  9.5.0

  - 10.5.0

  - 11.4.0

  - 12.3.0

  - 13.2.0

  - 14.1.0

- Julia

  - 1.10.3

- python

  - 3.8.19

  - 3.9.19

  - 3.10.14

  - 3.11.9

  - 3.12.3

- QT (opensource)

  - 5.15.14

- R

  - 4.4.0

Bibliotheken und Tools

- bison

  - 3.8.2

- BLIS

  - 4.2.0

- block2

  - p0.5.3rc13 openmpi/5.0.3 gcc/14.1.0 OpenBLAS/0.3.26

- boost

  - 1.85 gcc/13.2.0

  - 1.85 gcc/14.1.0

- Cmake

  - 3.29.2

- crest

  - 3.0.1 cmake/3.29.3 OpenBLAS/0.3.26-gcc13.2.0 openmpi/5.0.3-gcc13.2.0 gcc/13.2.0

  - 3.0.1 cmake/3.29.3 OpenBLAS/0.3.26-gcc14.1.0 openmpi/5.0.3-gcc14.1.0 gcc/14.1.0

fftw

  - 3.3.0 gcc/14.1.0

  - 3.3.0 openmpi/5.0.3 gcc/14.1.0

- lapack

  - 3.12.0 gcc/13.2.0

  - 3.12.0 gcc/14.1.0

- libflame

  - 4.2.0

- miniconda3

  - 24.3.0-0

- mpich

  - 3.2.0 gcc/12.3.0

  - 3.3.0 gcc/12.3.0

  - 4.1.3 gcc/12.3.0

  - 4.2.1 gcc/14.1.0

- OpenBLAS

  - 0.3.26 gcc/13.2.0

  - 0.3.26 gcc/14.1.0

- OpenCoarrays

  - 2.9.3 mpich/3.3.0 gcc/12.3.0

  - 2.10.2 openmpi/5.0.3 gcc/14.1.0

- OpenMPI

  - 4.1.6 gcc/13.2.0

  - 5.0.3 gcc/13.2.0

  - 5.0.3 gcc/14.1.0 

- proj

  - 9.4.1 gcc/14.1.0

  - spglib

  - 2.4.0 gcc/14.1.0

  - 4.2.1

Software

- gdal

  - 3.9.0 gcc/14.1.0 proj/9.4.1 swig/4.2.1 python/3.12.3

- hpl

  - v2.3

- ior

  - 4.0.0 openmpi/5.0.3 gcc/14.1.0

- ncdu

  - 1.20

- OpenFOAM

  - 11

  - v2312

- ORCA

  - 5.0.4

- quantum-espresso

  - 7.3.1 OpenBLAS/0.3.26 fftw/3.3.10 penmpi/5.0.3 gcc/14.1.0

- xtb

  - 6.7.0 lapack/3.12 OpenBLAS/0.3.26 gcc/13.2.0

  - 6.7.0 lapack/3.12 OpenBLAS/0.3.26 gcc/14.1.0